This is the complete list of members for src.smirnoffio.SMIRNOFF, including all inherited members.
__init__(self, name="openmm", kwargs) | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
A | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
abspdb | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
AtomLists | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
AtomMask | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
B | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
forcefield | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
freeze_atoms | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
get_smirks_counter(self) | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
interaction_energy(self, fraga, fragb) | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
mmopts | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
mod | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
mol | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
mol2 | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
name | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
nbcharges | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
off_topology | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
offxml | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
optimize(self, shot=0, align=True, crit=1e-4) | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
pbc | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
pdb | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
prepare(self, pbc=False, mmopts={}, kwargs) | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
readsrc(self, kwargs) | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
realAtomIdxs | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
ref_mol | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
restrain_k | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
simkwargs | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
system | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
update_simulation(self, kwargs) | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
valkwd | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |
xyz_omms | src.smirnoffio.SMIRNOFF | |