Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- a -

• A : src.amberio.AMBER
• a : src.objective.Penalty
• A : src.smirnoffio.SMIRNOFF , src.tinkerio.TINKER
• absfrcmod : src.amberio.AMBER
• abskey : src.tinkerio.TINKER
• absleap : src.amberio.AMBER
• absmdin : src.amberio.AMBER
• absmol2 : src.amberio.AMBER
• abspdb : src.amberio.AMBER , src.smirnoffio.SMIRNOFF
• absrd() : src.target.Target
• add_quantum() : src.molecule.Molecule
• add_virtual_site() : src.molecule.Molecule
• addff() : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• addff_txt() : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• addff_xml() : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• addHandler() : src.output.ForceBalanceLogger
• adict : src.amberio.FrcMod_Reader , src.BaseReader , src.psi4io.GBS_Reader
• adjh() : src.optimizer.Optimizer
• align() : src.molecule.Molecule
• align_by_moments() : src.molecule.Molecule
• align_center() : src.molecule.Molecule
• aliphatic_hydrogens() : src.molecule.Molecule
• all_pairwise_rmsd() : src.molecule.Molecule
• AllResults : src.liquid.Liquid
• amber_frcmod : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• amber_mol2 : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• amberhome : src.amberio.AMBER
• amom : src.psi4io.GBS_Reader
• Anneal() : src.optimizer.Optimizer
• append() : src.molecule.Molecule
• assign_field() : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• assign_p0() : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• asym : src.abinitio.AbInitio
• atom : src.amberio.FrcMod_Reader , src.amberio.Mol2_Reader , src.qchemio.QCIn_Reader , src.tinkerio.Tinker_Reader
• atom_id : src.Mol2.mol2_atom
• atom_name : src.Mol2.mol2_atom
• atom_select() : src.molecule.Molecule
• atom_stack() : src.molecule.Molecule
• atom_type : src.Mol2.mol2_atom
• AtomLists : src.abinitio.AbInitio , src.amberio.AMBER , src.gmxio.GMX , src.smirnoffio.SMIRNOFF , src.tinkerio.TINKER
• AtomMask : src.abinitio.AbInitio , src.amberio.AMBER , src.gmxio.GMX , src.smirnoffio.SMIRNOFF , src.tinkerio.TINKER
• atomname : src.molecule.Molecule
• atomnames : src.amberio.Mol2_Reader , src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF , src.gmxio.ITP_Reader
• atoms : src.Mol2.mol2
• atomtype_to_mass : src.gmxio.ITP_Reader
• AtomTypes : src.BaseReader
• atomtypes : src.gmxio.ITP_Reader