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• absrd() : src.target.Target
• add_quantum() : src.molecule.Molecule
• add_virtual_site() : src.molecule.Molecule
• addff() : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• addff_txt() : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• addff_xml() : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• addHandler() : src.output.ForceBalanceLogger
• adjh() : src.optimizer.Optimizer
• align() : src.molecule.Molecule
• align_by_moments() : src.molecule.Molecule
• align_center() : src.molecule.Molecule
• aliphatic_hydrogens() : src.molecule.Molecule
• all_pairwise_rmsd() : src.molecule.Molecule
• Anneal() : src.optimizer.Optimizer
• append() : src.molecule.Molecule
• assign_field() : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• assign_p0() : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• atom_select() : src.molecule.Molecule
• atom_stack() : src.molecule.Molecule