- p -

• parse() : src.Mol2.mol2 , src.Mol2.mol2_atom , src.Mol2.mol2_bond , src.Mol2.mol2_set
• parse_optgeo_options() : src.opt_geo_target.OptGeoTarget
• pathwise_rmsd() : src.molecule.Molecule
• plot_parameter_tree() : src.forcefield.FF
• polarization_correction() : src.lipid.Lipid , src.liquid.Liquid
• post_init() : src.liquid.Liquid
• Powell() : src.optimizer.Optimizer
• Precondition() : src.optimizer.Optimizer
• prepare() : src.amberio.AMBER , src.engine.Engine , src.gmxio.GMX , src.smirnoffio.SMIRNOFF , src.tinkerio.TINKER
• prepare_temp_directory() : src.lipid.Lipid , src.liquid.Liquid , src.psi4io.THCDF_Psi4
• print_map() : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• printcool_table() : src.target.Target
• push() : src.nifty.LineChunker