- s -

• save_mvals_to_input() : src.optimizer.Optimizer
• Scan_Values() : src.optimizer.Optimizer
• ScanMVals() : src.optimizer.Optimizer
• ScanPVals() : src.optimizer.Optimizer
• scd_persnap() : src.gmxio.GMX
• Scipy_BFGS() : src.optimizer.Optimizer
• ScipyOptimizer() : src.optimizer.Optimizer
• serialize_ff() : src.target.Target
• set_atom_id() : src.Mol2.mol2_atom
• set_atom_name() : src.Mol2.mol2_atom
• set_atom_type() : src.Mol2.mol2_atom
• set_bond_id() : src.Mol2.mol2_bond
• set_bond_type() : src.Mol2.mol2_bond
• set_charge() : src.Mol2.mol2_atom
• set_charge_type() : src.Mol2.mol2
• set_crds() : src.Mol2.mol2_atom
• set_donnor_acceptor_atoms() : src.Mol2.mol2
• set_goodstep() : src.optimizer.Optimizer
• set_mol_name() : src.Mol2.mol2
• set_mol_type() : src.Mol2.mol2
• set_num_atoms() : src.Mol2.mol2
• set_num_bonds() : src.Mol2.mol2
• set_num_feat() : src.Mol2.mol2
• set_num_sets() : src.Mol2.mol2
• set_num_subst() : src.Mol2.mol2
• set_option() : src.BaseClass
• set_origin_atom_id() : src.Mol2.mol2_bond
• set_status_bit() : src.Mol2.mol2_atom , src.Mol2.mol2_bond
• set_subst_id() : src.Mol2.mol2_atom
• set_subst_name() : src.Mol2.mol2_atom
• set_target_atom_id() : src.Mol2.mol2_bond
• setopts() : src.amberio.AMBER , src.engine.Engine , src.gmxio.GMX , src.tinkerio.TINKER
• Simplex() : src.optimizer.Optimizer
• SinglePoint() : src.optimizer.Optimizer
• smirnoff_update_pgrads() : src.smirnoffio.AbInitio_SMIRNOFF , src.smirnoffio.TorsionProfileTarget_SMIRNOFF , src.smirnoffio.Vibration_SMIRNOFF
• Split() : src.amberio.FrcMod_Reader , src.BaseReader
• split() : src.molecule.Molecule
• sprint_map() : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• stage() : src.target.Target
• step() : src.optimizer.Optimizer
• submit_jobs() : src.evaluator_io.Evaluator_SMIRNOFF , src.hydration.Hydration , src.lipid.Lipid , src.liquid.Liquid , src.psi4io.RDVR3_Psi4 , src.smirnoffio.AbInitio_SMIRNOFF , src.smirnoffio.TorsionProfileTarget_SMIRNOFF , src.smirnoffio.Vibration_SMIRNOFF , src.target.RemoteTarget , src.target.Target , src.thermo.Thermo
• submit_liq_gas() : src.hydration.Hydration
• system_driver() : src.binding.BindingEnergy , src.opt_geo_target.OptGeoTarget