Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- r -

• r_options : src.target.RemoteTarget
• r_tgt_opts : src.target.RemoteTarget
• radii : src.psi4io.Grid_Reader
• radius_of_gyration() : src.molecule.Molecule
• rd : src.target.Target
• read() : src.liquid.Liquid , src.target.RemoteTarget , src.target.Target
• read_0grads() : src.target.Target
• read_arc() : src.molecule.Molecule
• read_charmm() : src.molecule.Molecule
• read_com() : src.molecule.Molecule
• read_comm_charge_mult() : src.molecule.Molecule
• read_data() : src.lipid.Lipid , src.liquid.Liquid
• read_dcd() : src.molecule.Molecule
• read_gro() : src.molecule.Molecule
• read_indicate : src.lipid.Lipid , src.liquid.Liquid , src.target.RemoteTarget , src.target.Target
• read_inpcrd() : src.molecule.Molecule
• read_mdcrd() : src.molecule.Molecule
• read_mol2() : src.molecule.Molecule
• read_mvals : src.optimizer.Optimizer
• read_objective : src.lipid.Lipid , src.target.Target
• read_pdb() : src.molecule.Molecule
• read_qcesp() : src.molecule.Molecule
• read_qcin() : src.molecule.Molecule
• read_qcout() : src.molecule.Molecule
• read_qcschema() : src.molecule.Molecule
• read_qdata() : src.molecule.Molecule
• read_reference_data() : src.abinitio.AbInitio , src.hydration.Hydration , src.interaction.Interaction , src.moments.Moments , src.torsion_profile.TorsionProfileTarget , src.vibration.Vibration
• Read_Tab : src.molecule.Molecule
• read_xyz() : src.molecule.Molecule
• read_xyz0() : src.molecule.Molecule
• readchk() : src.optimizer.Optimizer
• Readers : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• readsrc() : src.amberio.AMBER , src.engine.Engine , src.gmxio.GMX , src.smirnoffio.SMIRNOFF , src.tinkerio.TINKER
• realAtomIdxs : src.smirnoffio.SMIRNOFF
• reassign : src.vibration.Vibration
• recover() : src.optimizer.Optimizer
• redirect : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• ref : src.thermo.Point
• ref_eigvals : src.moments.Moments , src.vibration.Vibration
• ref_eigvecs : src.moments.Moments , src.vibration.Vibration
• ref_mol : src.smirnoffio.SMIRNOFF
• ref_moments : src.moments.Moments
• ref_rmsd() : src.molecule.Molecule
• RefData : src.lipid.Lipid , src.liquid.Liquid
• refresh_temp_directory() : src.target.Target
• remote_indicate : src.target.RemoteTarget
• removeHandler() : src.output.ForceBalanceLogger
• reorder_according_to() : src.molecule.Molecule
• reorder_indices() : src.molecule.Molecule
• repair() : src.molecule.Molecule
• replace_peratom() : src.molecule.Molecule
• replace_peratom_conditional() : src.molecule.Molecule
• require() : src.molecule.Molecule
• require_boxes() : src.molecule.Molecule
• require_resid() : src.molecule.Molecule
• require_resname() : src.molecule.Molecule
• resdir : src.optimizer.Optimizer
• resid : src.molecule.Molecule
• residuePointerDict : src.amberio.PrmtopLoader
• resname : src.molecule.Molecule
• respterm : src.abinitio.AbInitio
• restrain_k : src.smirnoffio.SMIRNOFF
• retrieve() : src.thermo.Thermo
• rigid : src.tinkerio.TINKER
• rigid_water() : src.molecule.Molecule
• rmsd_part : src.binding.BindingEnergy
• RMSDDict : src.binding.BindingEnergy
• root : src.engine.Engine
• rotate_bond() : src.molecule.Molecule
• rotate_check_clash() : src.molecule.Molecule
• rs : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• rs_ord : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• rs_type : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• rsmake() : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• Run() : src.optimizer.Optimizer
• run_simulation() : src.hydration.Hydration
• rundir : src.liquid.Liquid , src.target.Target