- a -

• add_strip_to_mat() : src.molecule
• AddVirtualSiteBonds() : src.openmmio
• AlignToDensity() : src.molecule
• AlignToMoments() : src.molecule
• allsplit() : src.nifty
• arc() : src.molecule
• assign_openff_parameter() : src.smirnoffio
• astr() : src.nifty
• at_cached_assign_partial_charges() : src.smirnoff_hack
• AtomContact() : src.molecule
• axis_angle() : src.molecule