Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- p -

• p : src.objective.Penalty
• parse() : src.Mol2.mol2 , src.Mol2.mol2_atom , src.Mol2.mol2_bond , src.Mol2.mol2_set
• parse_optgeo_options() : src.opt_geo_target.OptGeoTarget
• pathwise_rmsd() : src.molecule.Molecule
• patoms : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• pbc : src.amberio.AMBER , src.gmxio.GMX , src.smirnoffio.SMIRNOFF , src.tinkerio.TINKER
• pdb : src.smirnoffio.SMIRNOFF
• pdict : src.amberio.FrcMod_Reader , src.amberio.Mol2_Reader , src.BaseReader , src.custom_io.Gen_Reader , src.gmxio.ITP_Reader , src.qchemio.QCIn_Reader , src.smirnoffio.SMIRNOFF_Reader , src.tinkerio.Tinker_Reader
• Pen_Names : src.objective.Penalty
• Pen_Tab : src.objective.Penalty
• Penalty : src.objective.Objective , src.optimizer.Optimizer
• pfields : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• pgrad : src.smirnoffio.AbInitio_SMIRNOFF , src.smirnoffio.TorsionProfileTarget_SMIRNOFF , src.smirnoffio.Vibration_SMIRNOFF , src.target.Target
• PhasePoints : src.lipid.Lipid , src.liquid.Liquid
• plist : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• plot_parameter_tree() : src.forcefield.FF
• point : src.psi4io.Grid_Reader
• points : src.thermo.Thermo
• polarization_correction() : src.lipid.Lipid , src.liquid.Liquid
• polling_interval : src.evaluator_io.Evaluator_SMIRNOFF.OptionsFile
• positive_resid : src.molecule.Molecule
• post_init() : src.liquid.Liquid
• Powell() : src.optimizer.Optimizer
• Pp : src.lipid.Lipid , src.liquid.Liquid , src.thermo.Thermo
• Precondition() : src.optimizer.Optimizer
• prefactor : src.interaction.Interaction
• prepare() : src.amberio.AMBER , src.engine.Engine , src.gmxio.GMX , src.smirnoffio.SMIRNOFF , src.tinkerio.TINKER
• prepare_temp_directory() : src.lipid.Lipid , src.liquid.Liquid , src.psi4io.THCDF_Psi4
• pressure : src.quantity.Quantity , src.thermo.Point
• prev_bad : src.optimizer.Optimizer
• print_map() : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• printcool_table() : src.target.Target
• PrintDict : src.binding.BindingEnergy , src.opt_geo_target.OptGeoTarget , src.torsion_profile.TorsionProfileTarget
• PrintOptionDict : src.BaseClass
• prm : src.tinkerio.TINKER
• prmdestroy_save : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• prmdestroy_this : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF
• propagate : src.output.ForceBalanceLogger
• pTree : src.forcefield.FF
• ptyp : src.objective.Penalty
• push() : src.nifty.LineChunker
• pvals0 : src.ffyapf.FF , src.forcefield.FF