- p -

• parse_amber_namelist() : src.amberio
• parse_atomtype_line() : src.gmxio
• parse_inputs() : src.parser
• parse_interactions() : src.binding
• periodic_diff() : src.opt_geo_target
• plot_interaction_qm_vs_mm() : src.interaction
• plot_qm_vs_mm() : src.abinitio
• plus_or_dot() : src._version
• pmat2d() : src.nifty
• PrepareVirtualSites() : src.openmmio
• print_mode() : src.readfrq
• printcool() : src.nifty
• printcool_dictionary() : src.nifty
• printsection() : src.parser
• process() : ForceBalance
• pvec() : src.molecule
• pvec1d() : src.nifty