- a -

• A : src.chemistry
• aftypes : src.gmxio
• Alive : src.molecule
• all : ForceBalance
• all_opts_names : src.parser
• allp : src.tinkerio
• AllVariableNames : src.molecule
• ambervel2au : src.nifty
• amu2au : src.nifty
• amu_mass : src.nifty
• ang2bohr : src.nifty
• at_original_assign_partial_charges : src.smirnoff_hack
• AT_TOOLKIT_CACHE_assign_partial_charges : src.smirnoff_hack
• atoms : src.chemistry
• AtomVariableNames : src.molecule
• au2evang : src.nifty
• au2kcal : src.nifty
• au2kj : src.nifty
• au_mass : src.nifty
• avogadro : src.nifty

- b -

• B : src.chemistry
• BE : src.chemistry
• bftypes : src.gmxio
• bkwd : src.parser
• bo : src.chemistry
• bohr2ang : src.molecule , src.nifty
• BondChars : src.chemistry
• BondEnergies : src.chemistry
• Box : src.molecule

- c -

• c_lightspeed : src.nifty
• CHECK_BASIS : src.leastsq
• cm2au : src.nifty
• cptypes : src.custom_io

- d -

• data : src.Mol2
• data_from_web : src.chemistry
• dftypes : src.gmxio

- e -

• eckeys : src.tinkerio
• Elements : src.chemistry , src.molecule , src.PT
• end : src.Mol2
• eqcgmx : src.nifty
• evang2au : src.nifty

- f -

• fdict : src.custom_io , src.gmxio
• FF_Extensions : src.ffyapf , src.forcefield
• FF_IOModules : src.ffyapf , src.forcefield
• fqcgmx : src.nifty
• FrameVariableNames : src.molecule
• frcmod_pdict : src.amberio

- g -

• gen_opts_defaults : src.parser
• gen_opts_types : src.parser
• grad_au2gmx : src.nifty
• grad_gmx2au : src.nifty

- h -

• handler : src.molecule , src.nifty
• HANDLERS : src._version
• have_dcdlib : src.molecule
• HaveBZ2 : src.nifty
• HaveGZ : src.nifty
• hbar : src.nifty

- i -

• Implemented_Targets : src.objective
• input : src.molecule
• iocc : src.parser
• ITERATION : src.optimizer

- k -

• kb : src.nifty
• kb_kcal : src.amberio
• kb_si : src.nifty
• kcal2au : src.nifty
• kj2au : src.nifty

- l -

• L : src.chemistry
• LAST_MVALS : src.leastsq
• Letters : src.objective
• line : src.chemistry
• logger : src.abinitio , src.amberio , src.binding , src.counterpoise , src.engine , src.evaluator_io , src.ffyapf , src.finite_difference , src.forcefield , src.gmxio , src.hydration , src.interaction , src.leastsq , src.lipid , src.liquid , src.molecule , src.moments , src.nifty , src.objective , src.openmmio , src.opt_geo_target , src.optimizer , src.parser , src.psi4io , src.qchemio , src.quantity , src.smirnoffio , src.target , src.thermo , src.tinkerio , src.torsion_profile , src.vibration
• LONG_VERSION_PY : src._version

- m -

• mainsections : src.parser
• MetaVariableNames : src.molecule
• module_name : src.molecule
• mol2_pdict : src.amberio

- n -

• ndtypes : src.custom_io , src.qchemio
• nftypes : src.gmxio

- o -

• oe_original_assign_partial_charges : src.smirnoff_hack
• oe_original_find_smarts_matches : src.smirnoff_hack
• oe_original_generate_conformers : src.smirnoff_hack
• OE_TOOLKIT_CACHE_assign_partial_charges : src.smirnoff_hack
• OE_TOOLKIT_CACHE_find_smarts_matches : src.smirnoff_hack
• OE_TOOLKIT_CACHE_molecule_conformers : src.smirnoff_hack
• original_validate : src.smirnoff_hack

- p -

• package : src.molecule , src.nifty
• ParsTab : src.parser
• pdict : src.custom_io , src.gmxio , src.qchemio , src.smirnoffio , src.tinkerio
• PeriodicTable : src.chemistry , src.molecule , src.PT
• pftypes : src.gmxio
• POINTER_LABEL_LIST : src.amberio
• POINTER_LABELS : src.amberio
• precision : src.readfrq

- q -

• QuantumVariableNames : src.molecule

- r -

• radian : src.molecule
• RADIAN_2_DEGREE : src.opt_geo_target
• Radii : src.chemistry , src.molecule
• rdk_original_find_smarts_matches : src.smirnoff_hack
• rdk_original_generate_conformers : src.smirnoff_hack
• RDK_TOOLKIT_CACHE_find_smarts_matches : src.smirnoff_hack
• RDK_TOOLKIT_CACHE_molecule_conformers : src.smirnoff_hack
• rootdir : src.nifty

- s -

• specific_dct : src.nifty
• specific_lst : src.nifty
• splitter : src.molecule
• subdict : src.parser

- t -

• tgt_opts_defaults : src.parser
• tgt_opts_types : src.parser
• TOOLKIT_CACHE_ChemicalEnvironment_validate : src.smirnoff_hack

- v -

• versions : src

- w -

• WORK_QUEUE : src.nifty
• WQIDS : src.nifty